### R code from vignette source '3.ReadWrite.rnw'

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### code chunk number 1: Reading Data using read.table
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  # Tab Delimited
Women<-read.table("Women.txt", sep="\t", header=TRUE)
Women[1:2,]
summary(Women)
class(Women$age)


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### code chunk number 2: Help on read.table
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  # Read the help file
  help(read.table)


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### code chunk number 3: read.csv
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# Comma Delimited
Women2<-read.csv("Women.csv", header=TRUE)
Women2[1:2,]


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### code chunk number 4: url read
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  myURL<-"http://bcb.dfci.harvard.edu/~aedin/courses/Bioconductor/Women.txt"
read.table(myURL, header=TRUE)[1:2,]


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### code chunk number 5: Reading Data into using scan
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myFile <- "outfile.txt"
# Create a file
cat("Some data", "1 5 3.4 8", "9 11 23", file=myFile,sep="\n")
exampleScan <- scan(myFile, skip = 1)
print(exampleScan)


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### code chunk number 6: scan using n
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scan(myFile, what="some text", n=3)


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### code chunk number 7: Create a path variable
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myPath <- file.path('C://Project1')  
file.exists(myPath)

#Set myPath to be current directory
myPath<-file.path(getwd())



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### code chunk number 8: reading/writing2
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myfile<-file.path(myPath, "Women.txt")


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### code chunk number 9: file.exists
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if (!file.exists(myfile)) {
  print(paste(myfile, "cannot be found"))
  }else{
  Women<- read.table(myfile, sep="\t", header=TRUE)
  Women[1:2,]
}


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### code chunk number 10: cels (eval = FALSE)
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## abatch<-ReadAffy(celfile.path="cels")
## eset2<-rma(abatch)


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### code chunk number 11: limma (eval = FALSE)
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## library(limma)
## targets <- readTargets("targets.txt")
## RG <- read.maimages(targets, source="genepix")
## MA <- normalizeWithinArrays(RG)


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### code chunk number 12: GEO (eval = FALSE)
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## library(GEOquery)
## ?getGEO
## gds <- getGEO("GDS507")
## eset <- GDS2eSet(gds,do.log2=TRUE)
## eset


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### code chunk number 13: GEO2 (eval = FALSE)
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## gse2553 <- getGEO('GSE2553',GSEMatrix=TRUE)
## gse2553[[1]]


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### code chunk number 14: AE (eval = FALSE)
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## library("ArrayExpress")
## AEset = ArrayExpress("E-MEXP-1416")


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### code chunk number 15: Sending output to a file using sink (eval = FALSE)
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## sink(file.path(myPath, "sinkTest.txt"))
## print("This is a test of sink")
## ls()
## sin(1.5*pi)
## print(1:10)
## sink()


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### code chunk number 16: Writing tables using write.table
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myResults <- matrix(rnorm(100,mean=2), nrow=20)
write.table(myResults, file='results.txt')


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### code chunk number 17: writing tables using write.table2
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df1 <- data.frame(myResults)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
colnames(df1) <- paste("MyVar", 1:5, sep="")                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
write.table(df1, file="results2.txt", row.names=FALSE, col.names=TRUE)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
read.table(file="results2.txt", head=TRUE)[1:2,]


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### code chunk number 18: Writing output using R2HTML (eval = FALSE)
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## # Write data directly to a new webpage
## library(R2HTML)
## HTML(df1,outdir=myPath, file="results.html")
## # Capture output to a webpage
##                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               HTMLStart(outdir=myPath, filename="Web_Results", echo=TRUE)
## print("Capturing Output")
## df1[1:2,]
## summary(df1)
## print("hello and Goodbye")
## HTMLStop()
## 


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### code chunk number 19: texXtable
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require(xtable)
x <- rnorm(100)
y <- 4 + 3 * x + rnorm(100, 0, 2)
lmodel <- lm(y ~ x)
lan <- anova(lmodel)
xtable(lmodel, caption = "Example of table from Linear regression model output.",
floating = FALSE, label = "tab:coef")


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### code chunk number 20: GEOExercise
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require(GEOquery)
GDS810<-getGEO("GDS810") 
Meta(GDS810) 
Columns(GDS810) 
head(Table(GDS810)) 
help("GEOData-class")
eSet<-GDS2eSet(GDS810,do.log2=TRUE)
pData(eSet)[1:2,]
varLabels(eSet)
table(eSet$disease.state)
ind<-grep("severe",eSet$disease.state)
Severe<-eSet[,ind]
pData(Severe)
write.exprs(Severe, file="SevereDisease_GDS810.csv", sep=",")